Mnogo se govori o problemu baterija nekih iPhone 6s modela koji su prodani, posebno u prvim jedinicama koje su se na tržište pojavile krajem prošle godine. Ovaj problem uzrokuje da se uređaj iznenada isključi, iako mu je i dalje ostalo više nego dovoljno postotka baterije da nastavi raditi bez problema. Kao i obično Apple nije komentirao o tome dok ne pronađete izvor problema. Očito problem dolazi iz problema sa zračnim senzorom, koji prisiljava baterije da prestanu raditi kako bi se izbjegli drugi ozbiljniji problemi.
Budući da je tvornički problem, Apple je stvorio besplatni program zamjene baterija, program na koji mogu ići svi korisnici koji su kupili terminal između septembra i oktobra prošle godine. No, čini se da uprkos dobroj vjeri Apple-a, tijelo zaduženo za nadzor baterija u Južnoj Koreji, želi razjasniti stvarni problem baterija ovih modela i pokrenulo je istragu s tim u vezi, što nije učinio s eksplozijama Galaxy Note 7, jer Samsung baterije proizvodi sama kompanija bez prolaska kroz ovaj regulator u bilo kom trenutku.
Apple nastavlja da tvrdi aktivnim i pasivnim nNemojmo nikada koristiti kablove i punjače koji nisu certificirani od strane njih, poput onih koje prodaje kompanija ili MFI. Čini se da se Apple u tom pogledu uvijek štiti kada se pojave problemi s baterijama, ne uzimajući u obzir da većina korisnika uvijek koristi službeni punjač koji dolazi uz iPhone, sumnjam da će se spustiti u kinesku trgovinu i kupiti jeftinu punjač kako ne biste potrošili original i doveli uređaj u opasnost, koji nije precizno okarakteriziran ekonomičnošću.