Jedna od velikih prednosti konzola najnovije generacije je odsustvo kablova u njihovim komandama, što ne samo da otvara mnoga vrata kompatibilnosti nezavisnih uređaja, već i otvara najvažnije od svega, da bi se omogućilo upravljanje naša konzola koristi koju želimo i na platformi koju želimo. Jedno od velikih pitanja, s obzirom na Nintendove sklonosti da "ograniči" svoje sisteme, bilo je hoće li Joy-Con biti kompatibilan s operativnim sistemima koje su razvile druge kompanije. Danas vas izbacujemo iz sumnje, Joy-Con su u potpunosti kompatibilni sa Windowsima i MacOS-ima, kao i Androidom.
Potvrda da su Joy-Con kompatibilni s drugim sistemima brzo je stigla do mreže. U stvari, prva i najočiglednija usporedba napravljena je na Windows 10 računaru, gdje se Joy-Con otkriva putem Bluetooth veze kao da je riječ o bilo kojem kontroleru. U nekim je igrama to djelovalo bez dodatnih komplikacija, međutim, u drugim su igrama odlučili koristiti softver zadužen za dodjeljivanje određenih funkcionalnosti tipkama tako da se izvršavaju ispravne naredbe bez stvaranja bilo koje vrste greške.
Lakše je ako se uklapa macOS, gdje operativni sistem prepoznaje kontrolere Nintendo Switch-a kao bilo koji drugi Bluetooth kontroler, dosegnite, povežite i izvršite. Isto se događa i sa Androidom, jednostavno ćemo morati upariti Joy-Con s našim uređajem kako bismo mogli uživati u malom i upravljivom kontroleru s kojim ćemo se lijepo zabaviti. Zanimljiva inicijativa je da na ovaj način možemo igrati video igre na našem Android uređaju kada Nintendo Switch istroši vrlo lošu bateriju dok igra na prenosivoj verziji. Poenta u korist velikog N da bi kontrole bile potpuno kompatibilne.