Mnogo se govori o problemu baterija nekih iPhone 6s modela koji su prodani, posebno u prvim jedinicama koje su se na tržište pojavile krajem prošle godine. Ovaj problem uzrokuje da se uređaj iznenada isključi, iako mu je i dalje preostalo više nego dovoljno postotka baterije za nastavak rada bez problema. Kao i obično Apple nije komentirao o tome dok ne pronađete izvor problema. Očito problem dolazi iz problema sa zračnim senzorom, koji prisiljava baterije da prestanu raditi kako bi se izbjegli drugi ozbiljniji problemi.
Kao tvornički problem, Apple je stvorio besplatni program zamjene baterija, program u koji mogu ići svi korisnici koji su kupili terminal između rujna i listopada prošle godine. No, čini se da unatoč dobroj vjeri Applea, tijelo zaduženo za nadzor baterija u Južnoj Koreji, želi razjasniti stvarni problem baterija ovih modela i s tim u vezi otvorilo istragu, što nije učinio s eksplozijama Galaxy Note 7, budući da Samsungove baterije proizvodi sama tvrtka bez prolaska kroz ovaj regulator u bilo kojem trenutku.
Apple nastavlja tvrditi aktivnim i pasivnim da je nNemojmo nikada koristiti kabele i punjače koji nisu certificirani od strane njih, poput onih koje prodaje tvrtka ili MFI. Čini se da se Apple u tom pogledu uvijek štiti kada se pojave problemi s baterijama, ne uzimajući u obzir da većina korisnika uvijek koristi službeni punjač koji dolazi s iPhoneom, sumnjam da će se spustiti u kinesku trgovinu i kupiti jeftinu punjač kako ne biste potrošili original i doveli uređaj u opasnost, što nije precizno karakterizirano kao ekonomično.