Jedna od velikih prednosti konzola najnovije generacije je odsutnost kabela u njihovim komandama, što ne samo da otvara mnoga vrata kompatibilnosti neovisnih uređaja, već otvara i najvažnije od svih, da bi kontrole nad naša konzola koristi koju želimo i na platformi koju želimo. Jedno od velikih pitanja, s obzirom na Nintendove sklonosti prema "ograničavanju" svojih sustava, bilo je hoće li Joy-Con biti kompatibilan s operativnim sustavima koje su razvile druge tvrtke. Danas vas izbacujemo iz dvojbe, Joy-Con su u potpunosti kompatibilni s Windowsima i MacOS-ima, kao i Androidom.
Do mreže je brzo stigla potvrda da su Joy-Con kompatibilni s drugim sustavima. Zapravo, prva i najočitija usporedba napravljena je na računalu sa sustavom Windows 10, gdje se Joy-Con otkriva putem Bluetooth veze kao da se radi o bilo kojem upravljaču. U nekim je igrama to funkcioniralo bez daljnjih komplikacija, međutim, u drugim su igrama odlučili koristiti softver zadužen za dodjeljivanje određenih funkcionalnosti gumbima tako da se izvršavaju ispravne naredbe bez stvaranja bilo kakve vrste pogreške.
Lakše je ako se uklapa macOS, gdje operativni sustav prepoznaje kontrolere Nintendo Switch-a kao bilo koji drugi Bluetooth kontroler, dosegnuti, povezati i izvršiti. Isto se događa i s Androidom, jednostavno ćemo morati upariti Joy-Con s našim uređajem kako bismo mogli uživati u malom i upravljivom kontroleru s kojim ćemo se izvrsno zabaviti. Znatiželjna inicijativa je da na ovaj način možemo igrati video igre na našem Android uređaju kada Nintendo Switch istroši vrlo lošu bateriju tijekom igranja na prijenosnoj verziji. Točka u korist velikog N da bi kontrole bile potpuno kompatibilne.