Veliko se govori o problemu baterij nekaterih prodanih modelov iPhone 6s, zlasti v prvih enotah, ki so na trg prišle konec lanskega leta. Ta težava povzroči, da se naprava nenadoma izklopi, čeprav ji je še vedno na voljo več kot dovolj odstotkov baterije, da lahko brez težav še naprej deluje. Kot je običajno Apple ni komentiral o tem, dokler ne najdete vira težave. Očitno težava izvira iz težave z zračnim senzorjem, ki prisili baterije, da prenehajo delovati, da se izognejo drugim resnejšim težavam.
Ker gre za tovarniško težavo, je Apple ustvaril brezplačen program za zamenjavo baterij, program, ki ga lahko obiščejo vsi uporabniki, ki so terminal kupili med septembrom in oktobrom lani. Zdi se pa, da kljub dobri veri Appleja, organ, zadolžen za nadzor baterij v Južni Koreji, želi razjasniti resnični problem baterij teh modelov in je v zvezi s tem začel preiskavo, česar pri eksplozijah Galaxy Note 7 ni storil, saj baterije Samsung proizvaja podjetje samo ne da bi kadar koli šli skozi ta regulator.
Apple še naprej z aktivnimi in pasivnimi trditvami potrjuje, da nNikoli ne uporabljajmo kablov in polnilcev, ki zanje niso certificirani, kot jih prodaja družba ali MFI. Zdi se, da se Apple v zvezi s tem vedno zaščiti, ko se pojavijo težave z baterijami, ne da bi upošteval, da večina uporabnikov vedno uporablja uradni polnilnik, ki je priložen iPhoneu, dvomim, da se bodo spustili v kitajsko trgovino in kupili poceni polnilnik, da ne bi zapravili izvirnika in ogrozili naprave, za katero ni natančno značilno, da je varčna.